Tata kelola sampah SMA Muhi dari hulu ke hilir sudah berjalan sangat baik. SMA sebagai miniatur masyarakat bisa sebagai tempat pendidikan pengelolaan sampah sejak dini bagi peserta didik. Sekolah sudah mempraktekkan pengelolaan dan pemilahan sampah organik dan non organik. Tentunya program ini dengan kolaborasi siswa, guru orangtua serta masyarakat. Sehingga akan lahir kemandirian pengelolaan sampah. Terkait manajemen sampah, SMA Muhi terus melakukan upaya mengelola sampah melalui berbagai kebijakan sesuai Undang-undang Nomor 18 Tahun 2008 tentang Pengelolaan Sampah.
PP Nomor 81 Tahun 2012 juga mengatur tentang Pengelolaan Sampah Rumah Tangga. Peraturan tersebut mengatur pengelolaan sampah yang merupakan kegiatan yang harus sistematis, menyeluruh dan berkesinambungan, meliputi pengurangan dan penanganan sampah. Pengelolaan sampah di SMA Muhi setelah dikelompokkan sesuai jenisnya kemudian diolah sesuai jenisnya. Sampah organik yang didaur ulang telah dimanfaatkan sebagai pupuk kompos bagi tanaman yang ada di sekolah. Sedangkan sampah non organik banyak dimanfaatkan sebagai produk yang bernilai ekonomis. Melalui pelajaran Ilmu Pengetahuan Alam, Ekonomi, Seni Budaya, dan Prakarya Kewirausahaan siswa diajak belatih memanfaatkan limbah untuk pengembangan kewirausahaan. “Ini adalah wujud komitmen SMA Muhi yang akan maju sebagai sekolah Adiwiyata Nasional 2023” pungkas kepala sekolah. Yus